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dc.contributor.author朱合欢
dc.contributor.author赵虎
dc.contributor.author林智文
dc.contributor.author王洁
dc.contributor.author路君
dc.contributor.author谭建明
dc.date.accessioned2019-11-13T08:58:19Z
dc.date.available2019-11-13T08:58:19Z
dc.date.issued2018-09-15
dc.identifier.citation中山大学学报(医学版),2018,39(05):771-779,790
dc.identifier.issn1672-3554
dc.identifier.other10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2018.0105
dc.identifier.urihttps://dspace.xmu.edu.cn/handle/2288/173415
dc.description.abstract【目的】筛选肾透明细胞癌(ccRCC)中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA,寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集,对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,使用MCODE软件筛选出差异表达基因中的核心基因,并利用mirDIP数据库和STARBASE数据库对核心基因上游的miRNA和lncRNA进行预测。【结果】共筛选出427个差异表达基因,这些差异表达基因在GO功能分析上主要与催化活性、受体活性和细胞黏附分子活性等功能相关,KEGG信号通路富集结果则表明其主要与PPAR、Rap1以及细胞因子受体相互作用等信号通路相关。从这些差异表达基因中筛选出11个核心基因,并预测到134个相应miRNA,接着对5个与ccRCC总体生存率相关的miRNA在STARBASE中共预测到6个相应lncRNA。最后将lncRNA、miRNA、核心基因以及相应信号通路在CYTOSCAPE中构建出一个互作网络。【结论】利用生物信息学技术将TCGA数据库与GEO数据库结合起来,筛选出ccRCC中差异表达基因,并对其中的核心基因进行miRNA与lncRNA预测分析,为后续找到可用于ccRCC临床诊断的靶标与治疗的靶点提供了有力帮助。
dc.description.sponsorship国家自然科学基金(81570748);;福州总医院杰出青年培养专项(2017Q05)
dc.language.isozh_CN
dc.subject肾透明细胞癌
dc.subject差异表达基因
dc.subjectmiRNA
dc.subjectlncRNA
dc.subject生物信息学
dc.title肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA预测分析
dc.typeArticle


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