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dc.contributor.author邰如玉
dc.contributor.author许建
dc.contributor.author江炎亮
dc.contributor.author张瀚元
dc.contributor.author白庆利
dc.contributor.author杨世勇
dc.contributor.author徐鹏
dc.contributor.author赵紫霞
dc.date.accessioned2019-11-13T02:33:31Z
dc.date.available2019-11-13T02:33:31Z
dc.date.issued2018-03-27
dc.identifier.citation渔业科学进展,2018,40(01):53-61
dc.identifier.issn2095-9869
dc.identifier.other10.19663/j.issn2095-9869.20180115001
dc.identifier.urihttps://dspace.xmu.edu.cn/handle/2288/172098
dc.description.abstract为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10–4;用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10–12,表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。
dc.description.sponsorship国家科技支撑计划项目(2015BAD25B01);;中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2015C007)共同资助~~
dc.language.isozh_CN
dc.subject鲑科鱼类
dc.subject单核苷酸多态性芯片
dc.subject亲权鉴定
dc.subject群体遗传
dc.title鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发
dc.typeArticle


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